Медицинская помощь в Анапе на этапе зарождения города Анапа, осуществлялась медицинской частью воинского подразделения, практически одним человеком – старшим лекарем Адагумского казачьего полка, надворным советником Отто Христиановичем Лилле.
В 1873 году в литературном источнике засвидетельствована цивильная должность фельдшера г. Анапы, Владимира Федоровича Фильковского, в 1879 году родовспоможение оказывала в Анапе «повивальная бабка», акушерка Г. Григорьева из Темрюка.
14 марта 1880 года, управление медицинской частью Главного управления «НАМЕСТНИКА КАВКАЗСКОГО», акушеркой назначена Юлия Квятковская, а в 1882 году Екатерина Ревякина-Седуненко, провизором Василий Львович Бубнов (сведения Анапского архива).
С 1886 года, должность городового врача занимает надворный советник Александр Иванович Пелипенко (организована цивильная амбулаторная помощь больным).
В брошюре «Кубанский календарь за 1904 год» сообщается, что в Анапе имеется приемный покой на 2 кровати, аптека, аптекарский магазин.
В 1913 году, в газете «Анапа-курорт» имеется сообщение, что в городской больнице имеется 10 коек, можно отметить, что с этого времени появилась стационарная помощь. Подтверждением наличия медицинского учреждения в г. Анапе, можно назвать 10 июля 1913 года, когда в город приехал «Наказной атаман Кубанского казачьего войска и Начальник Кубанской области» генерал-лейтенант М.П. Бабич. В сопровождении свиты, он посетил стационар, подробно ознакомился с лечившимися больными и состоянием зданий. Объяснения давали врачи господа: и.о. городового врача – Д.В.Шабанов, он же исполнявший, должность санитарного городового врача и заведующий городской амбулаторией И.Г. Атлас.
В книге «Черноморское побережье Кавказа» за 1916 год, об оказании медицинской помощи населению Анапы, сообщалось, что: «Городская амбулатория и больница на 40 кроватей; здесь особенно хорошо обставлен хирургический отдел и совершаются важные и серьезные операции, кроме того, в городе имеются аптеки, несколько аптекарских магазинов, трое постоянных врачей, два медицинских фельдшера, зубные врачи. Во время сезона приезжают на практику не менее 15-20 врачей».
На заключительном этапе зарождения и начале этапа становления городской больницы, основное здание располагалось, там же, где и в настоящее время, на ул. Крымской 24. Остальные здания: «Райздравотдел» по ул. Крымская 26, терапевтическое отделение по ул. Черноморской – между улиц Самбурова и Тургенева, инфекционное отделение, угол улиц Новороссийской и Ивана Голубца, т. е. подразделения располагались поблизости.
Советская власть в Анапе утвердилась после 1920 года, первой заведующей «Советской больницы Кубаночерноморской губернии» в г. Анапе, на первых этапах её становления стала, Антонова Вера Александровна.
В 1934 г. Анапская амбулатория расширила свою работу и перешла на поликлинический метод обслуживания населения и ей присвоено название - «Имени 17-годовщины Октябрьской революции», где заведующим поликлиникой был, А.Г. Широчинский. Он проделал большую работу по коренному улучшению медицинской помощи населению и оснащению учреждения медицинским оборудованием. Война нанесла серьёзный урон материальной базе здравоохранения. Бывшее терапевтическое отделение, во время войны, полностью разрушено (взорвано), а вот здание хоздвора (угол ул. Черноморской и Новороссийской, где в настоящее время построен новый хирургический корпус) к тому времени, полностью сохранилось, в одной половине жили врачи, во второй половине, была амбулатория и станция скорой медицинской помощи. Противомалярийная станция располагалась на углу ул. Ленина и Кирова, заведовала которой врач К.Я. Ведергорн. Весьма актуальной была работа противоэпидемической службы. Отсутствие достаточного количества жилья, как следствие – скученность проживания людей, отсутствие мыла, одежды, белья привело к завшивленности населения. Плохо было с питьевой водой, питанием, все это грозило эпидемиями. Имели случаи заболевания сыпным и брюшным тифом. По этому вопросу новацией стала групповая и индивидуальная санитарно-просветительная работа. В конце войны приехала врач Т.А. Титова, которая через месяц была назначена заведующей инфекционным отделением, она же была и тубологом. По путевке «Крайздрава» в Анапу были направлены опытные врачи: невропатолог Л.А. Левитина и дерматовенеролог И.В. Королев. Подъехала окулист Шестакова, вернулась из эвакуации хирург-гинеколог П.Л. Роева, наначеная заведующей хирургическим отделением.
В апреле 1944 года начал работать «Райздравотдел» (зав. К.П. Ананьева),
В 1947 г. было организовано больнично-поликлиническое объединение, включающее в себя: стационар на 125 коек, поликлинику, кожно-венерологический пункт, туберкулезный кабинет и скорую медицинскую помощь, этот этап, можно охарактеризовать, как время появления - квалифицированной, узкоспециализированной лечебно-профилактической помощи в Анапском районе. Главным врачом медицинского объединения, была назначена С.Г. Алексеева. В восстановительный период в Анапу прибыло немало новых врачей. Многие из них, всю свою жизнь связали со здравоохранением Анапы. Ведущими врачами в восстановительный период, были: С.Г. Алексеева, Л.А. Левитина, М.Г. Тезиков, А.Г. Муссонова, М.А. Наталич, И.Л. Джусоева, Р.К. Луговикова и др. До сих пор хранится в бухгалтерии в материальном отделе, инвентаризационная карточка № 88, учета основных средств, в МУЗ «Городская больница», в которой, числится на балансе основное здание больницы, взятое на учет до 01.1917 года, это старое здание травматологического отделения. До «Советской власти» в здании располагались «разнопрофильные» койки, во время войны – Военный госпиталь ХППГ – 339. С 1956 года находится на балансе здание отделения дневного пребывания № 2, с 1965 года эксплуатируется здание, где располагается травматологический пункт; 3 этажное здание старого хирургического корпуса, числится на балансе с 1965 года; здание городской поликлиники с 1966 года; введен в эксплуатацию в 1981 году 3 этажный инфекционный корпус; 3 этажное здание терапевтического корпуса введено в работу в 1994 году, в декабре 2008 года введен в эксплуатацию новый хирургический корпус.
За время существования больницы с момента её организации, она пережила такие организационные формы: как Центральная районная больница (ЦРБ), территориальное медицинское объединение (ТМО), МУЗ «Районная больница», МУЗ «Городская больница управления здравоохранения, администрации муниципального образования города-курорта Анапа», в настоящий момент муниципальное бюджетное учреждение здравоохранения «Городская больница управления здравоохранения, администрации муниципального образования города-курорта Анапа».
Фундаментально развивалась материальная база и лечебно-профилактическая помощь, создавались специализированные виды медицинской помощи.
С 2012 года, в соответствии с приказом министерства здравоохранения Краснодарского края организован межрайонный травматологический центр на базе МБУЗ «Городская больница г.-к. Анапа. Также в 2012 году открыто первичное сосудистое отделение №7, созданное для оказания специализированной помощи пациентам с острым инфарктом миокарда или инсультом головного мозга.
Учреждение, является базой для производственной практики учащихся медицинских училищ, летней производственной практики студентов медицинских институтов и академий.